GMO'er er kontrolbelagte efter reglerne om biologiske stoffer, hvis de indeholder nukleinsyresekvenser, der opfylder visse betingelser. GMO'er kræver fysisk sikring og indplaceres på samme sikringstrin som det biologiske stof, hvorfra de stammer.

Som hovedregel vil en kontrolbelagt organisme, der er blevet genetisk modificeret, forblive kontrolbelagt. Ikke-kontrolbelagte organismer, hvori der er indsat kontrolbelagte genetiske elementer, vil ligeledes være kontrolbelagte. Virksomheder kan dog søge om, at specifikke genetisk modificerede organismer fritages fra kontrol. Et vigtigt argument i denne sammenhæng vil være, at den specifikke stamme med sikkerhed kan påvises at have ingen eller betydelig nedsat patogenicitet i forhold til vildtypestammen. Virksomheder, der ønsker at søge om kontrolfritagelse af specifikke GMO, skal kontakte CBB.